Le travail était réalisé sur 2 lots de 10 taurillons chacun, recevant deux régimes différents, très riches en aliment concentré (87%). La ration « F » contenait un concentré riche en fibres et la ration « SL » un concentré riche en amidon et en graine de lin extrudée. Les animaux ont été abattus en fin d’engraissement et des échantillons représentatifs de contenu ruminal ont été prélevés à ce moment là pour l’analyse des paramètres microbiens. Les protozoaires ont été dénombrés au microscope, alors que des outils de biologie moléculaire (qPCR et PCR-DGGE) ont été utilisés pour étudier le nombre et la diversité des bactéries et des méthanogènes en ciblant respectivement les gènes rrs et mcrA. En plus l’expression du gène fonctionnel mcrA a été estimée par qPCR relative et utilisée en tant que témoin de l’activité métabolique des méthanogènes.

La baisse dans la production journalière de CH₄ (-26% en g/j, P<0.05) observée avec le régime « SL » peut être expliquée par les plus faibles quantités ingérées par les animaux (P<0.05) [2]. Concernant l’écosystème microbien, probablement comme conséquence au contenu élevé en amidon du régime « SL » [3], le nombre des protozoaires était 65% plus élevé (P<0.05) et le nombre des bactéries avait tendance (P=0.09) à augmenter avec la ration « SL » par rapport à la ration « F ». Le nombre des Archaea méthanogènes n’était pas affecté par le régime (P>0.05). L’analyse de diversité par contre a relevé des différences significatives entre régimes, notamment une plus grande similarité entre les échantillons « SL » comparés aux échantillons « F », ainsi qu’un nombre de séquences moins élevé pour les « SL ». Ces résultats permettent de conclure que le régime « SL » a exercé une pression sélective sur les méthanogènes du rumen. En plus, leur activité métabolique était plus faible avec le régime « SL » ce qui peut expliquer en partie la baisse observée dans la production de CH₄.

Ce travail montre qu’il faut explorer d’avantage le lien entre microbes producteurs d’hydrogène et méthanogènes dans le rumen afin de proposer des nouvelles stratégies pour diminuer les émissions de méthane entérique chez le ruminant.